Библиотеката отсекогаш била составен дел на образовните институции. Едноставно кажано, без неа би било невозможно да се оствари процесот на образование и надоградба на учениците. Токму затоа, професорите при МПБ ѝ посветувале посебно внимание на библиотеката при самата институција.
Најчесто за библиотеката бил задолжен еден од професорите, а за истакнување е фактот што и учениците биле вклучени во работата на истата.
Уште во манастирот „Горен св. Илија“, во тие тешки услови, се работело на консолидирање и формирање на библиотечниот фонд, почнувајќи речиси од ништо, односно со мал број книги. Според Статистичкиот лист од 1968 г., во првата учебна година библиотеката при Богословијата имала 90 книги.
Во подолните редови ќе следува еден вид ретроспектива на тоа како, колку и во кои периоди се зголемувал бројот на библиотечни единици во Библиотеката при Македонската православна богословија „Св. Климент Охридски“ – Скопје.
Со цел зголемување на фондот на книги, во 1969 г. биле испратени барања до редакциите на: „Духовна култура“ и „Црковен весник“ од Софија за редовно праќање на броевите и достава на оние што веќе излегле до 1969 г., „Весник“, „Православна мисао“, „Богословље“, „Православље“, „Благовест“, „Гласник“ и „Православни мисионар“ од Белград, како и до „Старокатолички гласник“ од Загреб. Истата година до Републичкиот завод за заштита на споменици испратено било писмо со молба за достава на нивните едиции за потребата на библиотеката при МПБ.
За поздравување е фактот што уште од самиот почеток на работата на Богословијата, дел од клирот и самите цркви учествувале во збогатување на фондот на книги. На 26 јануари 1969 г. прота Димитрие Поповиќ поклонил дел од своите книги на библиотеката при МПБ. Станува збор за 55 книги, претежно теолошка литература, од првата третина на 20 век и по неколку примероци од списанија, исто така, со теолошка содржина. Истата 1969 година кратовскиот парохиски свештеник и архијерејски намесник ѝ поклонил на МПБ 140 учебници, книги и списанија за да „се служат повеќе генерации воспитувајќи и спремајќи го највозвишениот повик – свештеничкиот, чија должност е грижа за спасение на човековата душа и постигнување на својата крајна цел – вечно блаженство во царството Божјо и живот во заедница со Бога“, а со ова негово дело апелирал и останатите свештеници да го сторат истото, со цел да се збогати библиотеката. На крајот од 1969 год., месец ноември, храмот „Св. Петка“ – Скопје за библиотеката поклонил 55 богослужбени книги, храмот „Света Троица“ – Куманово поклонил 34 книги со различна содржина и 35 црковни списанија, а храмот „Св. Николај“ – Куманово уште 24 богослужбени книги.
На 14.02.1970 г., со овластување од МПБ, професорот Бранко Пачемски подигнал по 10 учебници-читанки по англиски јазик за I, II, III, IV клас од „Македонска книга“.
На 05.11.1970 г. пополнет бил Годишен извештај до Народната и универзитетска библиотека, за целата година, во кој се нагласува дека „во 1969 г. купени се 620 домашни и 342 странски книги, а добиени се 158 домашни и 69 странски“.
На барање на Светиот архиерејски синод, со цел да се помогне за зголемување на бројот на книги во библиотеката, на 01.02.1971 г., бил составен список за тогашната состојба, односно бројот на книги. Овој список содржи богословска литература од сите области и списанија, речници, историски, философски, книги од областа на уметноста и сл., како и прозна и поетска литература од целиот свет. Сѐ на сѐ, вкупно 1282 книги + неколку стотици списанија.
Во училишната 1971/72 година, според Годишниот извештај, книжевниот фонд бил зголемен за 50 наслови, но сѐ уште имало потреба од богословска литератута.
На почетокот на 1972 г. од „Гласник“ – Белград нарачани биле 5 црковнословенки речници за библиотеката и уште 3 за потребите на професорите.
Во 1973 г. прота Димитрие Поповиќ повторно донирал книги за библиотеката при Богословијата. Следуваат неговите зборови: „… без потребна литература Богословијата не ќе може да ја изврши својата возвишена цел – да подготвува свештенички подмладок… би сакал од сѐ срце да им помогнам и на наставниците и на богословите. Подарувајќи ги овие книги имам единствена желба: и наставниците и учениците да ги сакаат како што и јас сум ги сакал, и со радост и љубов купувал, и да ги читаат.“ Станува збор за донација од вкупно 29 книги и околу 60-тина списанија.
На 13 јуни 1973 год., протојереј-ставрофор Среќко Поповски, во името на црквата „Св. архангел Михаил“ – Скопје поклонил 6 книги за библиотеката при МПБ.
На крајот од 1973 год. МПБ се обратила до Универзитекста библиотека со молба да биде заведена како редовен член.
На крајот од 73 г. Богословијата примила на поклон црковнословенска Библија од архиѓаконот Дамаскин, која била заведена во инв. книга под број 1.866.
Во Годишниот извештај за учебната 1973/74 година се наведува дека бројот на книги бил 1.915, според главната инвентарна книга. Истата година биле набавени 48 дела од Белград и други места.
Богословијата во месец ноември 1975 год. испратила писмо до Светиот синод на Бугарската православна црква во кое се обратила со молба за потребите на библиотеката редовно да бидат испраќани нивните црковни списанија: „Црковен весник“ и „Духовна култура“.
На почетокот на 1976 г. Богословијата се обратила со молба до Институтот за национална историја, да ги добие нивните публикации од 1968 до 1975 год. Исто така, упатена била молба и до Философско-историскиот факултет – семинар за историја, за доставување на списанието „Историја“.
Во февруари 1976 год. во Богословијата пристигнало писмо со известување за семинарот за библиотекари-наставници при Универзитетската библиотека, односно со покана до проф. Петар Јорданов за учество на истиот.
Во мај 1976 библиотекарот Петар Јорданов приложил долг список БИБЛИОГРАФИЈА од библиотеката, за потребите на професорите и учениците, кој требало да се доработи. Всушност, станува збор за навистина прекрасен и долг список „на поважните теми и написи во црковните списанија што ги поседува богословската библиотека“. Списокот прво е поделен по области, а во секоја посебно е забележан насловот на текстот и во кое списание се наоѓа (наслов и број). Списокот содржи 701 единица.
На 21.02.1976 г. Неговото Високопреосвештенство Митрополитот Злетовско-струмички г. Наум поклонил 11 книги „Историја на македонскиот народ“ од др. Славко Димевски за во библиотеката, а и 100 брошури „Свети Наум Охридски“ од Доне Илиевски и 100 честитки „Христос се роди“ како поклон за секој ученик.
Учебната 1976/77 добиени се книги од Богословскиот факултет во Грац, Австрија. Поради немање простор за библиотеката таа била сместена во дел од параклисот.
На почетокот на 1978 г. протојереј-ставрофор Стојко Спасовски за библиотеката поклонил повеќе броеви списанија: „Српски книжевни гласник“ од 23 и 24 г., „Музички албум“, „Црква и живот“, „Весник српске цркве“, „Православни хришќанин“, „Саборници“, вкупно 45, и 1 книга.
Според Статистичкиот лист за крајот на 1977/78 г. вкупниот број на книги бил 2.342. Таа учебна година фондот се зголемил за 100 книги, а редовно пристигнувале 12 списанија.
Во септември 1979 г. било испратено писмо до МАНУ со молба за потребите на библиотеката да се добијат изданијата „Општествена област“ во вид на замена. Како одговор на ова испратени биле „Синајски псалтир“ и „Добромирово евангелие“ со образложение дека редовно ќе бидат испраќани изданијата на стари ракописи.
Во учебната 1978/79 година пристигнала донација книги од црквата „Св. Петар и Павле“ од Ѓорче Петров – повеќе комплети од класици и друга литература.
Учебната 1980/81 година, од Републичката комисија за односи со верски заедници добиени биле книги од белетристика, нешто од свештеници, а набавени биле повеќе нови книги со богословска содржина.
Во месец јуни 1982 г. Републичкиот сојуз на здруженото православно свештенство на СРМ подарил 261 книга за библиотеката и книги поклон за матурантите.
Во април 1987 г. Сојузот на библиотекарите на град Скопје организирал советување со предавања на кои била поканета и Богословијата. Исто така, таа била поканета на првото наградување на библиотеките и библиотекарите од градот.
Учебната 1987/88 г., во текот на првото полугодие, библиотеката повторно била во фаза на средување во посебна просторија со читална. Управата на Богословијата работела на враќање на земената литература на реверс од разни лица од црковните кругови.
Според Статистичкиот лист во учебната 1999/00 во библиотеката имало околу 6.015 книги. На македонски 3.690, на српски 2.770 и на други јазици 155.
Во учебната 2002/03 година бројот на книги изнесувал 6.058.
Во учебната 2003/04 Богословијата се обратила со Молба до Уредувачкиот одбор на списанието „Пелагонитиса“ за донација на сите дотогашни броеви како и друга литература за потребите на училишната библиотека. Истите биле добиени. Состојбата во библиотеката била: 6.065 и 342 книги во одделниот книжевен фонд за професори.
На крајот од учебната 2005/06 библиотеката броела 6.227 книги. На крајот од учебната 2006/07 6.254 книги.
Во месец април 2008 г. стигнала донација книги: 16 – речници и стари ракописи, од Институтот за македонски јазик „Крсте Мисирков“.
На крајот од учебната 2008/09 година библиотеката броела 6.288 книги, потоа 6.310, па 6.355, па 6.405.
При последното примопредавање на должноста библиотекар, на 02.09.2011 г, со попис и проверка на инвентарната книга, на списоците и на библиотечните единици констатирана била бројка од 8.321 книга.
Следните години фондот на библиотеката постојано се зголемувал. Конкретно, од 2014 до 2016 година, благодарение на контактите на професорите со одредени институции дополнително се обезбедени: од МАНУ – 82 книги, од Универзитетската библиотека – 5 мултимедијални ЦД-ња од научните средби посветени на св. Климент, од Институтот за македонски јазик – 17 книги, од Институтот за литература – 47 книги и 17 списанија, од Институтот за фолклор – 81 книга и 45 списанија. Дополнително од епархиите: 25 броеви од списанието Премин и 21 книга од Струмичка епархија, 24 книги од Брегалничка, 11 книги од Американско-канадска, над 20 книги и списанија од Скопска, 9 книги и списанија од Кумановска. Плус 146 наслови домашна и странска белетристика. Со ова бројот на книги и списанија во библиотеката при МПБ е зголемен за 545.
Во учебната 2015/16 година библиотеката е преместена во нови простории.
На крајот треба да се истакне дека библиотеката при МПБ има и свој посебен дел со стари богослужбени книги.
проф. библиотекар Петар Георгиевски